Aplikasi probiotik di bidang pertanian telah banyak dimanfaatkan, terutama adalah sebagai starter dalam pembuatan pupuk organic. Dengan probiotik ini dapat dipercepat dalam pembuatan pupuk, pupuk kompos misalnya secara alami akan memakan waktu 3 – 6 bulan, namun dengan teknologi probiotik seperti EM 4, Stardec, Biosup dan lain-lain hanya memerlukan waktu 3 minggu.
Inokulasi mikroorganisme dapat dijadikan alternatif dalam mengatasi kelangkaan pupuk anorganik yang disebabkan mahalnya harga dan distribusi yang tidak merata. Inokulasi mikroorganisme yang mampu melarutkan unsur P pada tanah asam dapat meningkatkan produksi padi yang ditanam di lahan gambut seperti yang dilaporkan Hairani (2006).
Hal itu bisa terjadi karena adanya mikroorganisme pelarut P sukar larut dalam tanah baik berupa bakteri, jamur maupun actinomycetes. Mikroorganisme tersebut dapat meningkatkan ketersediaan P melalui proses pengkhelatan dan pelarutan P yang pada akhirnya akan meningkatkan produktivitas tanaman. Proses kerjanya adalah mikroorganisme palerut P tersebut akan menghasilkan asam-asam organik yang mampu mengkhelat Al, Fe, Ca, dan Mg membentuk kompleks organomental yang stabil dan P menjadi tersedia bagi tanaman.