Probiotik untuk lele yang berfungsi meningkatkan kualitas air dan menekan bakteri patogen sebagian besar terdiri atas bakteri fotosintesis dan asam laktat seperti Actinomycetes sp., Streptomyces sp., Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, Saccharomyces cerrevisae. Contoh probiotik ini adalah EM4 perikanan dan tambak. Untuk meningkatkan fungsi pakan, probiotik mengurai pakan sehingga mudah diserap pencernaan, yaitu Lactobacillus, Acetobacter, dan ragi. Contoh probiotiknya adalah Raja Lele, Aquaenzims, Boster Sel Multi.
Secara umum, probiotik terbagi menjadi dua jenis, yaitu probiotik untuk merangsang nafsu makan dan probiotik untuk menjaga kualitas air. Probiotik untuk merangsang nafsu makan diberikan pada saat pemeliharaan dengan periode tertentu, misalnya 3-5 hari sekali. Dosis dan anjuran pemakaian biasanya tertera pada label kemasan.
Sementara itu, probiotik yang berfungsi untuk menjaga kualitas air diberikan dua kali, yaitu pada awal sebelum pemeliharaan dan saat pemeliharaan. Pemberian di awal sebelum pemeliharaan dilakukan 3-5 hari sebelum penebaran benih. Fungsinya untuk membuat air menjadi berlendir dan berwarna agak kehijauan/kecokelatan yang di dalamnya terkandung banyak pakan alami. Dengan demikian, air siap digunakan untuk pemeliharaan lele. Pemberian kedua dilakukan pada saat pemeliharaan dengan frekuensi tertentu, biasanya 5-7 hari sekali.